بانک جزوات و مقالات تخصصی و کاربردی ترجمه ® ویژه دروس پزشکی ®

آنالیز چند نقطه‌ای VNTR (‏MLVA)‏یک روش تایپ مولکولی برای زیر گروه جدایه های میکروبی براساس تعداد کپی های متغییر تکرارهای Tandem (‏VNTR)‏است. یک VNTR به طور معمول طیف وسیعی از نسخه‌های کپی را حتی در میان سویه های باکتریایی بسیار مرتبط نشان می‌دهد. برای یک مجموعه منتخب تکرار متوالی، آنالیز شماره کپی بینش‌هایی را در مورد روابط در سطح ریز تکاملی نشان می‌دهد. ​

در عمل، لوکوس های VNTR انتخاب می‌شوند که به اندازه کافی برای ارگانیسم‌های مورد مطالعه قابل افتراق بوده و پرایمرهای حفاظت‌شده خارج از تکرار پشت سر هم برای هر VNTR طراحی می‌شوند. بنابراین، اندازه در جفت‌های باز هر آمپلیکون PCR، مجموع اندازه تکرار پشت سر هم به علاوه جفت‌ها در هر دو انتها است. ​

​

با دانستن اندازه تکرار، عدد کپی به راحتی می‌تواند به صورت زیر محاسبه شود:

به دلایل اقتصادی، گاهی اوقات VNTR های متعددی ترکیب می‌شوند، به عنوان مثال آن‌ها با یک رنگ مشخص می‌شوند و به صورت مخلوطی در یک ستون از توالی مویینگی بارگذاری می‌شوند.

یک حالت این است که محصولات PCR مخلوط VNTR دارای محدوده اندازه‌ای هستند که با هم همپوشانی ندارند.

با استفاده از ۴ رنگ و ۲ VNTR های غیر همپوشان، ۶ VNTR ها را می توان در هر اجرای مویرگی تعیین کرد (‏یک رنگ شامل یک مجموعه مارکر مرجع برای محاسبه اندازه است)‏.

Multilocus VNTR analysis in BIONUMERICS

نرم‌افزار BIONUMERICS یک گردش کار کاملا خودکار برای آنالیز چند مکانی VNTR ارایه می‌دهد، که از فایل‌های کروماتوگرافی توالی مویرگی خام یا جداول پیک پردازش‌شده (‏Biosystems Applied و Beckman)‏شروع می‌شود.